长，风流倜傥。

他的先祖是东晋开国皇帝司马睿，父亲司马晞因军事才能被桓温所忌，桓温诬其谋反，欲诛之，因简文帝一再坚持才废为庶人，流放新安郡。

司马遵承爵之后深恨桓氏，桓伊曾去拜访，司马遵怪责守门人通传。侍从劝说桓伊与桓温虽同姓桓，却非一家，可以相见。司马遵称连听到木字旁的姓都想杀了，何况姓桓的。

被刘裕迎为揆百官，侍中、大将军，司马遵知道自己不过是傀儡，即使如此，司马遵还是竭力保护司马氏不多的元气，朝堂之上任用忠于司马氏的臣子司马休之、郗恢、阴友齐等人，外镇则拉拢杨安玄、毛璩等人，希望能挽狂澜于既倒，扶大厦之将倾。

得知天子被救回，司马遵心中百味陈杂。司马德宗回归京中，自己这个“假皇帝”就要退位。这段时间坐在宝位之上，俯视堂下众臣，高高在上的感觉让人陶醉。

天子是个痴儿，冷暖尚不知，如何会治理天下，司马氏的江山才会旁落人手，身为皇室成员，司马遵忧心忡忡。

私心里，司马遵曾想过天子若是命丧在桓玄手中，自己登基为帝，定然重用贤良，中兴晋室。

可是，天子福大，居然平安无事。想到这里，司马遵无声地叹了口气。

二月一日，东堂，朝议。

武陵王司马遵提出从即日起搬出东宫，前往东城大将军府居住。大将军府，原来的会稽王司马道子的住所。众臣商议派天子仪仗速速迎回天子。

朝议的重点由谁接任荆州刺史，虽然司马休之从南燕逃回后被任命为荆州刺史，那时荆州被桓玄所占，司马休之不过是占个空衔，如今江陵收复，这荆州刺史的位置各方都要争上一争了。

丹阳尹孟昶推荐祠部尚书郗恢，五兵尚书董怀推举冠军将军刘毅，扬州刺史、录尚书事王谧奏道：“荆州位置重要，需重臣镇守，不可仓促决策。”司马遵知道王谧在暗示他跟刘裕商量。

桓玄逃出建康后，王谧因党附桓玄受朝野议论，众人认为当诛，王谧大为恐惧，逃往曲阿。

刘裕记念当年之恩，特意致信给武陵王替王谧求情，并派人把他接回朝廷。王谧感恩戴德，在朝堂上替刘裕出声。

京口，刘裕收到武陵王司马遵的来信，询问他对荆州刺史的人选意见。

以徐、衮、青三州刺史的身份坐镇京口，刘裕收拢北府旧部，吸纳流民屯田，逐渐恢复了京口一带的生机。

刘毅夺取江陵救下天子，天子的几道诏