由于明廷采取了剿抚并用的手段，在崇祯十二年四月前，“义军”的形势出现了极度低沉的局面，但“义军”的低谷期没有持续多久，崇祯十二年五月起，“义军”再一次活跃起来，并且是空前的活跃----练饷的征收如火上浇油一样，让明末“农民起义”迅速进入了高三朝阶段。

而这一切的改变首先是从张献忠、罗汝才两部的再次叛乱开始的。

崇祯十二年五月，一度因为形势所迫才被迫受抚的张献忠，发现北上勤王的明军剿寇军主力并没有南返，因此胆气复壮，遂于该月上旬于谷城以“毁城、劫库、放囚”的形势发动了叛乱，并杀死了谷城知县阮之钿，并在县衙墙壁上留下了“以告楚人，言发，由总理（熊文灿）酷取其货”的声明，还“列具上官姓名，疏取（来信索取）贿多寡、日月”，“唯襄阳道王瑞栴不取一钱”等字眼，以证明自己是被迫再次造反的。

随即，张献忠率部离开谷城开往房县，与正在那里“解甲耕屯为观望”的罗汝才部汇合；

见到张献忠部开到，早就不甘心种地的罗汝才立刻响应，也举起了再度反明的旗帜，并与张献忠部联手攻下了房县县城。

张献忠部与罗汝才部再次叛乱的消息，以及张献忠留下的所谓官逼民反的证言证物，让熊文灿恼羞成怒，便命令左良玉部加以讨伐。

得知左良玉部开来，自知不敌的张献忠和罗汝才部经过商议，于当年七月二十二日，放弃房县西进秦岭深处；接到收复房县消息的熊文灿对于左良玉部行动缓慢，导致张献忠和罗汝才两部逃脱非常不满，便勒令左良玉继续追击。

左良玉“谓路险饷艰，不可追”，然“文灿身入祸门，不暇审计，强使行”。

在熊文灿的逼迫下，左良玉于七月二十六日，与豫将罗岱部一起出发，并以罗岱部位前军，左部蹑行其后，“逾房县八十里，至罗猴山”，“军乏食”，且遇张献忠并罗汝才部的伏击，罗岱当场战死，左良玉便“大败奔回，军符印信尽失，弃军资千万余，士卒死者万人”。

罗猴山之战后，摆脱了追兵的张罗联军“欲入狭西”，但陕西明军扼守要隘兴安，张罗两部无法突破，只能转向进入川东，但又遭到四川明军的抵御，于是，同年九月，张、罗两部分开行动，张献忠部向陕西转移，罗汝才部转向湖广。

而在张、罗两部分开行动之前，崇祯皇帝已经对熊文灿的无能和贪鄙忍无可忍了，于是，将其“削官”、“戴罪自赎”，对此，熊文灿的举荐人杨嗣昌未免心