武士进行约束，很多大名都会因为惧怕秀吉的威严，或者懒得惹麻烦而要求已经信奉切支丹的武士改回信仰。

对于这些大名来说，如果出现不愿意改信的武士，正好可以以此为借口收回他们的知行，扩大自己的实力。

对于秀家来说，这道命令的影响力还好，因为秀家已经预料到这种情况的发生，将领内的切支丹领民大部分流放到了虾夷地。

现如今秀家正好可以借着《伴天连追放令》，强制将赖在土地上的切支丹民众装船北运。

如果说一定有影响的话，就是那些改信了切支丹的武士，过去秀家对于他们的信仰没有依据进行限制。

限制随着《伴天连追放令》是下达，秀家不仅可以对他们进行约束，在暗示他们接受转封琉球或者虾夷的安排，还能表现出这是对他们信仰私底下的接纳，使得他们对秀家感恩戴德。

唯一比较麻烦的是向明石全登这样的重臣，他的能力即便放在日本都是拔尖的，秀家不愿意刻意迫害逼迫他改信，搞不好直接把人给搞走了。

那么只剩下一条路了――假意改信。

秀家只能代其上报已经改信，并且私底下通知他以后低调一点，不要刻意的展现出切支丹的信仰，当然这一切都是打着保护他的名义。

如果说《伴天连追放令》对秀家来说的好处的话，就是秀家终于可以有明面上的理据，来限制切支丹在虾夷的发展。

《伴天连追放令》的下达，在短时间内引起了不小的波澜，特别是切支丹信徒遍布的九州地区，引发了一场席卷整个九州的一揆。

据说参与叛乱的民众数量超过10万众，以至于就封在九州的大名甚至没有能力进行镇压，以小早川隆景为首的外样大名联名上书秀吉，请求秀吉暂缓《伴天连追放令》的事实。

最后秀家不得不对《伴天连追放令》进行修改，暂时允许普通民众继续信奉切支丹，但是武士阶级必须进行约束，如果不愿意改变信仰的，就褪去武士的身份成为平民。

同时秀吉接纳了第一批允许继续接受切支丹信仰的名单，其中就有大友家，这就使得九州的切支丹民众蜂拥入北日向和丰后，短期内刺激了大友家的经济。

但是事实上，大友家现任家督大友义统是不信切支丹的，跟从他的家臣也大多信奉佛教，反倒是老家主大友宗麟是切支丹