当故事到达尾声，回望过去的小智是否对过往抱有遗憾，即使是站在了神奇宝贝大师的巅峰，他也对过去存在难以释怀之物。
在得到阿尔宙斯帮助，回溯时间，一切重启，带着前世的记忆以及阿尔宙斯的礼物的小智能否在登上神奇宝贝大师之巅的路上实现更加美满的旅途。
“现在，站在你面前的是收揽所有冠军，不留任何遗憾，来自真新镇的小智，未来的神奇宝贝大师！”
（多人重生，并且与原剧有部分设定改变，增加部分游戏和特别篇人物以及新剧情，不喜勿喷）
- 第0章 一切重新开始的起因
- 第1章 真新镇，故事的开篇
- 第2章 夏令营
- 第3章 终于，找到你了
- 第4章 你同预言一样温柔
- 第5章 我们终将重逢
- 第6章 开始我们的旅途
- 第7章 分别和新的开始
- 第8章 重逢亦是初见
- 第9章 小智和小霞的初次对决
- 第10章 住手啊，火箭队，外面都是君莎
- 第11章 小霞正式入队，以及小智的改变
- 第12章 被名为家庭的牢笼束缚的笼中之鸟—小刚
- 第13章 三人组再次集结
- 第14章 月见山之旅(上）
- 第15章 月见山之旅（下）
- 第16章 我的告白，将在世界和平之后
- 第17章 丑小鸭终究会成为白天鹅
- 第18章 与妙蛙种子的再会（上）（大家除夕快乐）
- 第19章 与妙蛙种子的再会（下）
- 第20章 你的火焰不应该被埋没于此（上）
- 第21章 你的火焰不应该被埋没于此（中）
- 第22章 你的火焰不应该被埋没于此（下）
- 第23章 “天使般”的杰尼龟军团（上）
- 第24章 “天使般”的杰尼龟军团（下）
- 第25章 最完美的恶作剧是虚伪的我们陪伴你至永远
- 第26章 收服大钳蟹，来到正辉的灯塔
- 第27章 超古代快龙登场
- 第28章 提前开始的快龙岛之旅（上）
- 第29章 提前开始的快龙岛之旅（下）
- 第30章 超古代之秘
- 第31章 和神秘组织的初次交锋（上）
- 第32章 和神秘组织的初次交锋（下）
- 第33章 成功抵达枯叶市
- 第34章 枯叶道馆的对战（上）
- 第35章 枯叶道馆的对战（中）
- 第36章 枯叶道馆的对战（下）
- 第37章 圣安奴号之行（上）
- 第38章 圣安奴号之行（下）
- 第39章 蓝普尔其的打工之旅
- 第40章 来自大木博士的神秘组织的情报
- 第41章 属于小刚和小次郎的夏日幻影（上）
- 第42章 属于小刚和小次郎的夏日幻影（下）
- 第43章 杰尼龟军团和耿鬼一家的喜剧对决（上）
- 第44章 杰尼龟军团和耿鬼一家的喜剧对决（下)
- 第45章 金黄道馆的对决（上）
- 第46章 金黄道馆的对决（下）
- 第47章 即然过去没有你，那就让未来拥有你
- 第48章 开局居合斩，呱呱泡蛙参上
- 第49章 西尔佛公司的秘密？真新镇四人组再次会面
- 第50章 西尔佛公司的对决
- 第51章 小智的坦白，“守”组织正式成立
- 第52章 来自卡洛斯地区的电话，新的危机（手动狗头）
- 第53章 今天又是大家相亲相爱的一天呢（上）
- 第54章 今天又是大家相亲相爱的一天（下）
- 第55章 意外的相逢
- 第56章 花神祭典落下帷幕（5k字）
- 第57章 少年少女的演技对决
- 第58章 神奇宝贝催眠事件（上）
- 第59章 神奇宝贝催眠事件（下）
- 第60章 小智的恋爱小课堂开课了
- 第61章 格斗神奇宝贝大赛（上）
- 第62章 格斗神奇宝贝大赛（下）
- 第63章 挑战浅红道馆（上)
- 第64章 挑战浅红道馆（下）
- 第65章 神奇宝贝大赛跑（上）
- 第66章 神奇宝贝大赛跑（下）
- 第67章 原野狩猎区
- 第68章 恭迎超级肯泰罗大王的诞生
- 第69章 小银
- 第70章 不夜城的粉色救世主（上）
- 第71章 不夜城的粉色救世主（下）
- 第72章 小智与赤红，小茂与青绿，命中注定的宿敌
- 第73章 红色之玉
- 第74章 赝品
- 第75章 化石翼龙
- 第76章 小次郎返乡记（上）
- 第77章 小次郎返乡记（中）
- 第78章 小次郎返乡记（下）（二合一）
- 第79章 不思议花园（上）
- 第80章 不思议花园（中）
- 第81章 不思议的花园（下）
- 第82章 旧神和新时代的碰撞（上）
- 第83章 旧神和新时代的碰撞（下）
- 第84章 旧神的传说
- 第85章 女儿节，名为透子的少女
- 第86章 透子
- 第87章 未来人们口中的传说—斗也
- 第88章 错误章节
- 第89章 错误章节。请跳转下一章
- 第90章 错误章节。。
- 第088章 我回来啦
- 第089章 女儿节（上）
- 第90章 女儿节（下)
- 第91章 喷火龙vs炎武王（上）
- 第92章 喷火龙vs炎武王（下）
- 第93章 离别，继续各自的旅行
- 第94章 神奇宝贝鉴定考（上）
- 第95章 神奇宝贝鉴定考（中）
- 第96章 神奇宝贝鉴定考（下）
- 第97章 破旧小屋下的研究所
- 第98章 错误